Voľby do miestnej a župnej samosprávy na rozdiel od parlamentných majú rovnaké podmienky aj pre menšiny. V prvých slobodných voľbách obsadili kandidáti DZSČR 62 mandátov v miestnych zastupiteľstvách a získali 4 zvolených starostov, v župe Bihor sa dokonca podarilo získať 1 miesto zástupcu v župnej samospráve.
Ďalšie volebné obdobia sa však trend obrátil a kandidáti DZSČR získavali stále menej zástupcov v miestnych zastupiteľstvách. Faktorov vplývajúcich, prečo slovenskí a českí voliči dávajú prednosť nezávislým, resp. iným kandidátom a politickým stranám, je viacero.
V posledných voľbách v roku 2008 kandidáti DZSČR získali iba 13 mandátov a post jedného starostu. V súčasnosti obec Nová Huta je jedinou slovenskou obcou s úplne vlastnou samosprávou.